Caractérisation moléculaire des isolats d’Escherichia coli entérohémorragiques des prélèvements clinique à Médéa

Abstract

Escherichia coli entérohémorragique (EHEC) est une souche pathogène responsable des infections intestinales sévères. Sa capacité à causer des épidémies alimentaires et des infections individuelles en fait un problème de santé publique préoccupant. Une étude moléculaire a été réalisée sur 20 souches d'Escherichia coli entérohémorragique (EHEC) isolées à partir des prélèvements urinaires. Les souches ont été identifiées et caractérisées à l'aide des méthodes biochimiques et d'antibiogrammes standard. La confirmation et l'identification des souches d'EHEC ont été réalisées sur la gélose sélective Mac Conkey sorbitol (SMAC). Toutes les souches ont fait l’objet pour l’extraction d’ADN par technique chimique manuelle, l’ADN extrait a été utilisé pour la PCR conventionnelle pour la détection des gènes de virulence (stx1a, stx2b, afa, eaec, iroN, ompT, cnf1 et ipr2) et de résistance aux antibiotiques (TEM, cmlA, tet(A), qnr, dfrA1 et aac(3)II ). Les souches étudiées ont présenté une forte résistance à l'Ampicilline (85%) et à l'Amoxicilline/Acide clavulanique (60%), tandis que leur résistance aux Céphalosporines était plus faible (10% à 25%), ainsi qu'à d'autres antibiotiques tels que la Gentamycine, azithromycine et Fosfomycine de (10% à 45%). Les résultats de la PCR ont montré la présence de la majorité des gènes de résistance chez la plupart des souches (TEM (85%), cmlA (70%), tet(A) et dfrA1 (65%)). En revanche, les gènes de virulence étaient présents avec des proportion variées (eaec (10%), cnf1(25%), afa (35%), iroN et stx1a (45%) tandis que l’ompT était présent à 100%). Selon les résultats de la répartition des génes de virulence les souches ont été classées en 13 clades. Alors qu’en terme de gènes de résistance un clade dominant à 50% et six autres clades émergents avec des proportions variées ont été obtenues. De plus, l'analyse des gènes de virulence et de résistance a montré une grande diversité génétique, regroupant les souches en 17 clades distincts. Cette diversité génétique, principalement liée aux gènes de virulence, suggère une variabilité potentielle dans les sources d'infection et les niveaux de virulence de ces souches. En conclusion La caractérisation moléculaire des souches d'EHEC permet d'élucider les complications associées à l'infection et d'orienter les stratégies de traitement nécessaire pour prévenir les épidémies et suivre les changements